Дирекцијата ги врши следниве работи:

• ја води постапката на пријавување, издавање на дозвола и контрола на изворите на јонизирачкото зрачење, во согласност со овој закон и прописите донесени врз основа на овој закон;
• издава и одзема дозволи за вршење на дејност со извори на јонизирачко зрачење;
• ги утврдува изложувањата кои се исклучени со општ акт донесен врз основа на овој закон и изземањата на изворите на јонизирачкото зрачење со ниска активност пропишана со општ акт донесен врз основа на овој закон;
• води Национален регистар на изворите на јонизирачкото зрачење и на професионално изложени лица, како и регистар за нуклеарен материјал;
• врши надзор над стручната работа на правните лица кои работат со извори на јонизирачкото зрачење преку овластена стручна институција;
• соработува со други органи на управата и институции во врска со работите што се во надлежност на Дирекцијата;
• се грижи за обука на одговорни лица за радијациона заштита и на лицата кои работат со извори на јонизирачко зрачење;
• иницира истражување во областа на заштитата од јонизирачко зрачење, на радијациона сигурност и нуклеарна безбедност;
• ја утврдува висината на трошоците за издавање на дозволи и лиценци;
• води евиденција и контрола на вкупниот нуклеарен материјал во Република Македонија;
• изработува План за заштита на населението во случај на радијационен вонреден настан во Република Македонија;
• планира и спроведува меѓународна соработка во областа  на јонизирачкото зрачење;
• врши инспекциски надзор